然而，当桓温提出由司马昱之子司马耀来继承大统之后，原本默不作语的群臣立马炸了锅，他们纷纷提出反对意见，言辞十分的激烈，甚至连司马昱和褚蒜子都极其强烈的表达了反对意见，而他们提出的理由也让桓温深深的体会到了即便你是权臣，也需要遵循基本的礼仪法制，而桓温推举司马耀继承大统，实际上就是破坏了这种礼仪法制，所以也就不可避免的遭到了所有人的反对了。

原因很简单，若是由司马耀继承大统，那么他的父亲司马昱怎么办？总不能儿子是皇帝，父亲是王爷吧。

而桓温给出的解决办法就是：将司马耀过继给司马丕当儿子，这样就即解决了司马昱的身份问题，也解决了司马耀继承法统的法理问题。

然而，虽然当时宗族之间过继儿子是常有的事情，但是显然桓温忽略了一个重要问题就是辈份问题。

首先司马丕是晋成帝司马衍的儿子，也是晋明帝司马绍的孙子，而司马绍跟司马昱又是亲兄弟，也就是说，司马昱是司马丕的爷爷辈。

也就是说，尽管司马耀年仅五岁，但是从辈份上来讲，应该是司马丕的叔叔辈，你现在让一个叔叔去给侄子当儿子，这不是滑天下之大稽嘛？

众人反对的意见让桓温实在无法反驳，但是除了司马耀之外又实在是找不出其他的有资格继承大统的小孩来，所以最终无奈之下，桓温也只能接受由司马奕入宫继承大统这样一个事实。

见桓温不再反对之后，褚蒜子便命司马昱起草诏书，褚蒜子在诏书中说道：“琅琊王司马奕德才兼备，又是皇帝的亲弟弟，应当继承大统。”

起草完诏书，盖上大印之后，司马昱便带领着文武百官到琅邪王府去迎奉司马奕，早已得知消息的司马奕也穿戴整齐在王府里等待，并当天随驾进宫，正式登基称帝。

登基后的司马奕继续尊褚蒜子为崇德太后，尊晋穆帝皇后何法倪为穆皇后，同时册封琅邪王妃庾道怜为皇后，同时大赦天下。

随后，司马奕又命众臣商议司马丕的谥号，最终确定谥号为“哀”，史称晋哀帝，并归葬于安平陵，同时改年号为太和，改明年为太和元年。

由于司马奕已经成年，褚蒜子也就没有必要继续摄政，因此移居崇德宫，将朝政交给了司马奕。

司马奕当了皇帝之后，也听说了桓温反对过自己继承大统的事情，出于对桓温权势的恐惧，也为了拉陇桓温，于是便以桓温有拥立之功为由，赠其前部羽葆、鼓吹，赐武贲六十人；进封桓温为