温虽然只带了两千兵，但是这些士兵都是百战之士，战斗力十分强悍，此时京城卫戍部队还在司马纵手里，大约有一万人的驻军，主要驻扎在城东南的紫金山大营里，桓温命令随行的参将孙无终秘密带领一千人马突袭紫金山大营，以谋反的罪名抓拿司马纵，同时控制京城卫戍部队。

同时桓温又命令另一个参将刘轨秘密进宫招降宿卫禁军首领毛安之，毛安之是毛穆之弟弟，父亲是前豫州刺史毛宝，毛宝曾随温峤一共平定苏峻之乱，战功显赫，受封辅国将军，不过后来在北伐后赵之时不小心溺水而亡。

毛安之因为哥哥毛穆之长年跟随桓温南征北战的原因，早已秘密投靠桓温，所以见刘轨奉桓温之命前来接管宿卫禁军，毫不犹豫的就将部队交给了刘轨指挥，刘轨接管宿卫禁军之后，连夜封锁皇宫各大门，没有桓温的命令，谁也不准进出。

桓温在控制了京城之后，又秘密调驻守姑孰城的部队进京，驻守在健康城西北角的天阙山上，在京城外围担任警戒任务。

至此，桓温算是彻底控制了京城，朝廷里惟一可以调用的兵力可能就是王坦之手中的扬州兵了，可惜王坦之并不是领兵之人，好不容易有个沈劲还弃之不用，所以只能干瞪眼。

至到第二天上早朝的时候，穆帝才发现皇宫大门已被封，再仔细一看，身边的贴身护卫也都已换了人，穆帝这才意识到大事不妙，从未经历过这等时情的他顿时吓的大哭起来，毕竟他还只是一个十几岁的孩子，啥时候见过这等世面。

然而，还没等穆帝哭完，皇宫大门突然打开了，走进来的正是桓温本人，桓温亲手扶起早已吓的呆若木鸡的穆帝，不由分手把他架上了龙撵，然后亲自护送他上了太极殿，穆帝根本就不敢有任何的反抗，只得乖乖就范。

等穆帝到了太极殿之后，大臣们早已等候多时，大臣们看到穆帝到来之后，也都纷纷叹了口气，他们也早已知晓了桓温控制京城与皇宫之时，大家都在为穆帝捏一把汗，现在见穆帝安全归来，所以纷纷庆幸不已。

桓温扶穆帝登上龙椅之上，便拜倒在地上说道：“启奏陛下，武陵王司马晞及其子司马纵著作郎殷涓、太宰长史庾倩、散骑常侍庾柔等人蓄意谋反之事已经查明，请陛下速作决断。”

穆帝被吓的战战兢兢，根本就说不出话来，目光不断看向司马昱，司马昱此时也被震惊的目瞪口呆，他没有想到桓温居然如此胆大包大，敢诛杀自己的亲哥哥武陵王司马晞，而一旁的司马晞、庾倩、殷涓等人也早已吓的站都站不稳