隆庆五年，公元1571年，太医院改组。给太医院带来了翻天覆地的变化，也将影响天下医家的变动。

一、将四位吏目扩大了十位，医官数量增加。

二、存在了两百年的十三科，变成了十一科。废除了金镞、祝由、按摩三科，增加了痘诊。

金镞科，属于外伤和战伤救治的专门科目。由于治疗对象多为箭、剑、刀等武器的创伤，故历代多称金疮或金镞。由周朝开始，历代相传，直到六年前被废除，归并到外科之中，虽一定程度上壮大了外科的实力，却使金镞大夫丧失了相应地位。更使得三百年后，面对西医外科手术冲击，没有一点抵抗力。

祝由太过神秘，本不想说。但为了完整性，还是介绍一下。祝由治病不用药或少用药，而主用祝由师的意念、符咒产生的场来治疗各种疾病。不排除部分有效，但太容易给巫婆、半仙、大神钻空子。

按摩科，又叫推拿，按摩科在宋金时期的中断，直到元末明初太医院重设按摩科。才促使按摩推拿在明代取得了一定的发展。随着6年前改组，按摩科又被取消。

为了避免传承不断，按摩大夫不得不改变对象，转向婴幼儿。从而诞生了小儿推拿的新方向。相继诞生了诸多推拿名医和著作，并在清代按摩进一步与正骨相结合。成为中医为数不多的优势所在。

太医院经过此番改组，简便廉效从占大多数的九科，一下砍去三科，仅剩针灸、外科、咽喉、口齿、眼科、正骨六科。别看科目上，好像多了一科，还占优势，但人数上却是只占少数。

太医院也是有大科、小科之分。以二十人来算，大方脉占五人，伤寒占四人，小方脉占两人，妇人科占二人，口齿、咽喉、外科、正骨、痘诊、眼科、针灸等七科，各占一人。

也就是说针灸等六科总共只占六人，占比百分之三十。而此前却是十三人中占了九人，占了接近百分之七十。

这一下颠倒了过来，可以说不仅仅是太医院的改变，更是对整个大明医学界带来了冲击。

更严重的后果是，进入清朝，中国医学彻底的偏科起来，不再是全面发展。先是抛弃正骨科，将之交给了蒙古大夫；接着废除针灸科，使得针灸几乎濒临失传。

紧接着伤寒和妇人科并入大方脉科，痘疹在之前也并入了小方脉科，口齿咽喉又合并成一科，再加上外科和眼科就只剩下了五科。

虽有五科，但有存在感的也不过是大小方脉二科。自此医学进入了僵局。恰在此时西方医学