即继续向肇庆推进，朱由榔逃往广西梧州。此后直至永历六年（1652年），持续在广西、湖广、云南各地流亡。

顺治二年（大顺二年，1645年）夏，南明福王弘光政权灭亡。

十一月，清朝用剿抚兼施的策略一面以何洛会为定西大将军进剿四川，一面派人下诏诱降张献忠，劝说他归顺清朝。诏书说：“张献忠前此扰乱，皆明朝之事”，表示谅解，“张献忠如审识天时，率众来归，自当优加擢叙，世世子孙，永享富贵”。

并威胁说“倘迟延观望，不早迎降，大军既至，悔之无及”。

然而张献忠置之不理，反而增强了抗清的决心。这时，何洛会率领的清军被陕西的农民军所牵制，所以一直没有入川。

后来张献忠坚持抗清，在一次次战斗中不幸被清和硕肃亲王豪格发箭射之，随之便中箭而死。时年仅四十岁。

张献忠死后，他的部将孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇、冯双礼等率领农民军向南，在重庆受到明军曾英部的阻击，农民军击毙守将曾英后，继续向贵州方向转移。

后与南明联合，也就是永历政权，共同抗击清军，转战在西南各省的广大地区，足足坚持了近二十年，直到清朝的康熙初年。

朱由榔被原大西军张献忠部将孙可望迎至贵州安隆千户所城中。

从此，永历政权完全被置于原大西军控制与监管之下，朱由榔形同傀儡。“十八先生案后”，朱由榔意欲逃离安龙，秘密与李定国联络。

永历九年（1655年），在李定国护送下逃至云南。永历十二年（1658年），吴三桂率领的清军兵分三路进攻西南，夺取贵州、云南，朱由榔再次出逃，在云南各地流亡，朱由榔在李定国护送下逃至洪沙瓦底。