大明天启六年，后金天命十一年（1626年）八月十一日，时年68岁的努尔哈赤病死于返回沈阳的路上。

关于努尔哈赤的死，《满文老档》记：天命十一年（1626）七月二十三日，努尔哈赤因病前往清河汤泉洗浴（辽宁省清河县）；至八月初一日，命二贝勒阿敏杀牛烧纸，向神祈祷消灾----这表明努尔哈赤的病已经恶化，温泉洗毒不见效，只好求神灵来保佑；延至八月七日，努尔哈赤的病情继续恶化，已危在旦夕，于是在他神志还清醒时，努尔哈赤决定回沈阳，因为他不想在外地“归天”，一定要回到沈阳寢宫，大妃（皇后）奉命赶来迎接；船行至浑河，与大妃相遇，继续赶路，八月十一日未时（13时至15时），船行抵距沈阳40里的瑗鸡堡时，努尔哈赤病逝。

《清太祖实录》卷十，对此的记录是：（七月）癸巳（二十三日），上不豫（生病），幸清河坐汤；八月丙午（初七日），上大渐（病情恶化），欲还京（沈阳），乘舟顺太子河而下，使人召大妃来迎，入浑河。大妃至，溯流至瑗鸡堡，距沈阳城四十里；庚戌（十一日），未刻，上崩。

但努尔哈赤死亡的消息传到北京后，却引起了一系列的奇谈怪论。

譬如那位民科军事专家就给自己贴金道：“皆云奴酋耻宁远之败，遂蓄愠患疽，死于八月初十日。”

又譬如，御史汪若极进一步确认：在宁远城下，“奴焰大挫，一旦疽发而伏天诛”。

以中医观之，所谓“恶疮”致病之由，多因心火过盛，以至毒火攻心而引发。努尔哈赤何以至此？

在某些人看来，努尔哈赤攻战40余年，百战百胜，大明好几个督师、经略、总督、巡抚都拜在他手上，暮年却没拿下一个由小小道台守备的区区小城，所以回归沈阳后，努尔哈赤便百思不得一解，情志不舒，加之年事已高，终于酿成不治之症。

此外，又有人根据宁远之战中，身处宁远城中的朝鲜官员韩瑗“奴儿哈赤先已重伤，及是俱礼物及名马回谢，请借再战之期，因懑恚而毙云”的记录，说什么努尔哈赤是因为在宁远城下受了炮伤，久治不愈而死的。

甚至还有人引用高第“枪毙一大头目，用红布包裹，从贼抬云，放声大哭”的奏报，非要将这个所谓的大头目认定为是努尔哈赤；另外，还有人臆测努尔哈赤于“宁远早撤，恐有隐情，但受伤为机密事，不能公开真情”云云。

总而言之，显然是一定要把努尔哈赤的死归功于了那位民科军事专家坚守宁