道教内丹学南宗创始于北宋张伯端，其最初继承系统为张伯端─石泰─薛道光─陈楠─白玉蟾（南五祖）。

该派以“先命后性”修炼方式著称。其丹法强调“返璞归真，以简驭繁，慢中求快”。其代表人物多出自南方，故名南宗。

《悟真篇》、《还源篇》、《复命篇》、《翠虚篇》等为南宗主要经典。

南宗继承钟离权、吕洞宾的内丹理念，认为修炼内丹，即修炼“性、命”（性命双修），先命后性独树一家之学。

主张“混俗和光”、“大隐混俗”，不提倡出家

。元代中后期原来流传于北方的全真道与南方内丹派的结合，内丹学南宗的教派也被划分在道教全真道。与原来的全真道不同的是，内丹学南宗人士多不提倡出家。

南宗从张楠开始即兼行雷法，白玉蟾并撰有多种雷法著作。

张伯端反对形式上的出家离俗，隐避山林。而主张“大隐隐于市”。

他本人就不是出家的道士。南宗直至五祖白玉蟾，始开始有云游道士，也组织了南宗自己的教团组织。

一般认为，白玉蟾为南宗实际建立者。白玉蟾开始建立的教派既是丹法派亦是雷法派。明朝以后，南北两宗多有相互融合。

张伯端、石泰、薛式、陈楠及白玉蟾（“南五祖”），若再加上张伯端的弟子刘永年和白玉蟾的弟子彭鹤林，则被奉为“南七真”（见五祖七真）。

而北宗追求“全真而仙”，其修炼以清净为主，即以“识心见性”为首要，以炼心炼已为基础，同时不废精气的的修炼，王重阳说：“识心见性全真觉，知汞通铅结善芽。”

（《重阳全真集》卷一第一）这是把“识心见性”的炼心与“知汞通铅”的炼气作为“全真”的两个基本内容。

相对于南宗“先命后性”的功法，北宗丹法以“先性后命”为特征。

关于清净炼性，北宗各家皆以此为上乘丹法，不二法门。

王重阳说：“诸公如要真修行，饥来吃饭，睡来合眼，莫打坐，莫学道，只要尘冗事屏除，只要心中清净两个字，其余都不是修行。”

（《重阳全真集》卷十第十二）马钰说：“清静者，清为清其心源，净为净其囗海。心源清则外物不能扰，故情定而神明生焉。

炁海静，则邪欲不能干，故精全而腹实焉。

是以澄心如澄水，养囗如养儿，囗秀则神灵，神灵则囗变，乃清净所致也。”（《丹阳真人语录