东南数省的官吏基本被大换血，没有被清洗的都是些对崇祯皇帝忠心耿耿之人。

时值七月盛夏，军中出现疫病，朱由检下令大军在舟山休整半月，随军军医紧张调治，继续向东南进发，乘胜攻占郑芝龙老巢厦门，两万一千名明军海军同时做好了登陆台湾的准备。

到崇祯二十七年七月，两京一十三省，除云贵四川，其他各地全部纳入朝廷势力范围，朱由检的控制力甚至达到了各地乡村，传统意义上的皇权不下乡，现在终于被终结了。

接下来半年，朱由检的重心将开始转向西南，收复平定当地的土司，眼下大明对西南土司名义上的统治局面，崇祯当然是不满意的，他想要将这些土司彻底归于自己统治之下，在这个过程中可能需要一场彻底的战争，不过朱由检是为战争而生，根本不在意这些事情。