、调查实验室袭击者，乔深从此走上技术进化之路，遇到了叶茜等配角。经历了获取ipu、寻找义体医生、逃脱医疗公司的追杀、加入佣兵小队、发现神秘外来生物“使徒”、使徒交易、猎杀使徒赏金任务、对抗为秦石复仇的铜袍会等事件，乔深的调查逐渐深入。为了调查导师之死的真相，乔深需要夺回季远楼手中的ipu，于是组建了佣兵团队，策划重新打入宁芯集团。经历人员招募、联合黑客帮派、物资抢夺、情报盗取等准备工作，乔深成功潜入宁芯集团，却发现宁芯集团再次出现大量离奇的不明失踪和死亡案。同时，乔深夺回了导师的研究笔记，据此发现了第三剂纳米微机药剂样本，升级了自身的纳米微机系统。