加之巴贝夫与其战友的众多家眷也生活在这里，为避免警察对无辜者的伤害，革-命者纷纷放弃了抵抗。随后，这20多人都被押送到巴黎近郊的一处秘密监狱里。

“算起来，这已经是我第五次进监狱了！”巴贝夫自我嘲讽道。

巴贝夫第一次被捕入狱的原因，是他成了抗拒缴纳捐税的非常热烈的辩护人。其间，巴贝夫甚至在对佩朗和鲁瓦地区的群众宣传中，说道：“必须停止缴纳这些捐税，而在非交不可的时候，就用暴力来反对那种试图恢复捐税的暴力……”

于是在1790年5月19日当天夜间，巴贝夫被捕。两天之后的21日，他被投进巴黎裁判所附属监狱（康斯列热尔监狱）。这是巴贝夫人生中第一次入狱，属于君主立宪派的当政时期。

好在马拉等众多革-命者的无私帮助下，巴贝夫在7月初得以无罪释放。

第二次被捕时在1791年春，那是巴贝夫被选为他定居的圣·吉尔镇的委员。由于巴贝夫和他的支持者们召集了市民大会，强迫支持吉伦特派的市长在某个意见书上签名。于是乎，法院以“寻衅滋事”罪将巴贝夫再度逮捕，这是巴贝夫的第二次被捕。

但在出庭受审的时候，证人们众口一词地为被告巴贝夫辩护，他们的辩词对巴贝夫赞赏有至。到最后，法庭只得将巴贝夫无罪释放。巴贝夫在证人的拥簇下如闪电般归来，受到了人民的欢呼。

巴贝夫的第三次被捕，是在1793年11月，在巴黎粮食管理局担当秘书的时候。

期间，因为过期的往事，代表巴黎粮食局的巴贝夫与索姆省政-府的工作往来中关系恶劣。不久，巴贝夫遭遇索姆省高等法院的缺席审判，被判处了二十年有期徒刑。此外，索姆高等法院还致函给治安委员会和巴黎警察局，要求立刻逮捕“罪犯巴贝夫”。

雾月24日，也就是11月14日，巴贝夫遭遇巴黎警察局的被捕。但随后，有人向治安委员会的瓦迪埃委员进行了举报，“宣称巴贝尔公民是被索姆省官员陷害的，审判也是非法和无效的。”

不久，治安委员会便指派主管警察总局政治部的安德鲁-弗兰克上尉，全权负责调查此事。

一周之后，安德鲁在写给索姆省高等法院的书信中说：“据政治部调查所知，在派往巴黎粮食管理局以前和在巴黎任职期间，巴贝夫公民在公民责任感和廉洁方面无可争议。据此，我们怀疑判刑二十年的理由是否充分，请派人来治安委员会接受听证质询。”

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