直到崇祯继位后，周延儒这才正式重新复出，他被任命为詹事府正詹，并且被迅速提拔为礼部右侍郎兼翰林院侍读学士，距离入阁也只剩下了一步之遥。

然而，在这个期间，周延儒却踏足党争，跟东林党彻底决裂。

当时因为大学士刘鸿训罢官，内阁需要重新推选一位阁臣，其中最有希望的便是礼部右侍郎钱谦益。但是周延儒不这么想，他认为自己颇具圣眷，只要被提名，就肯定会被点用，于是便上下打点活动，甚至还结交东厂太监和外戚引为内援。

结果这件事到头来依然没有结果，据说是被钱谦益的门人户科给事中瞿式耜给否决了。

原因也很简单，大家虽然都是东林党人，但是钱谦益可是东林党魁，地位和影响力比你这个周延儒都高多了，还是一边歇着去吧。

周延儒眼看着入阁之路破灭，一气之下便干了一件大事。

那就是他连同当时同样有入阁希望的南京礼部尚书温体仁，一同将矛头对准了周延儒，决定先将钱给挤下来。

这个计划很简单，周延儒用发动自己人，声称这一次廷推完全被钱谦益的同党所把控，就是走了一个过场，充满了不公平，而温体仁就更加厉害，他用七年前钱谦益担任科举主考官时，徇私舞弊给了一个人第一名的成绩作攻击开端，上了一道《直发盖世神奸疏》，也就将这件事彻底闹大，使得朝堂分裂成了两个群体，其中一排是周温，另一派则是内阁大臣和六部各级官员。

而在这个问题上，崇祯多疑的性格被温体仁把握的恰到好处，他知道当崇祯看到这么多人支持钱谦益的时候，心中肯定会产生猜疑，而怀疑一旦开始，那么罪名就将成立，钱谦益就算不是结党也是结党了。

果不其然，崇祯最痛恨的就是被臣下蒙蔽以及结党营私，他看到名单里没有周延儒就很怀疑，再一看都是钱谦益的人，当即就相信了周温二人的言辞，将钱谦益给逐出了朝廷，而这件事之后也就让周延儒彻底跟东林党闹崩。

当然，周延儒并不在乎，因为他入阁以及出任首辅的道路已经被扫平。

崇祯二年十二月，内阁次辅钱龙锡引疾致仕，周延儒正式以礼部尚书兼东阁大学士，入阁参预机务。

崇祯三年六月，在周延儒的建议下，他的姻亲吴宗达以及好战友温体仁正式入阁，加快了对东林一党的清洗速度，指使锦衣卫官员张道浚等攻击内阁首辅成基命，迫使成基命辞官而去。

同年九月，周延儒正式出任